HuangLab实验室指南

培养宗旨

本实验室研究生培养的目标，不是简单完成课程、实验和论文，而是培养能够：

1. 独立提出科学问题

2. 判断一个科学问题是否值得研究

3. 设计可靠的研究方案

4. 独立完成实验或计算分析

5. 对科研数据进行批判性解释

6. 独立解决科研过程中遇到的问题

7. 形成完整的论文和科研成果

8. 有能力向同行清晰表达科研思想

9. 能够指导低年级学生

10. 最终成长为能够独立开展科研工作的研究者

本实验室倡导的培养目标为：从“完成导师安排的任务”成长为“能够独立决定做什么、为什么做、如何做以及什么时候停止做”。

培养理念

研究生培养的目标不是把人“用满”，而是把人“养成”：在真实科研中逐步形成独立的科学判断、可靠的研究方法与稳定的推进能力。既重视产出，也重视品格和精神。

我们强调四件事：

1. 以科学问题为中心

   研究不是任务清单，而是对问题的持续思考与深入追问。把时间用在“把问题想清楚、把证据链建起来”上，而不是用实验数量替代科学判断。

2. 以项目推进为牵引

   培养必须落在项目中，能力体现在推进上。我们认可投入与工作量，但更看重“有效推进”：每一阶段的努力，都应让项目更接近回答问题——要么获得可靠证据支撑结论，要么明确证据不足并及时调整路径。

3. 以独立性为成长路径

   独立性不是放任不管，而是逐步授权与能力升级：从“在指导下完成”，到“能独立推进”，再到“能带动他人推进”。训练过程中允许试错，但必须学会定位问题、查找证据、提出方案并复盘，把错误转化为下一次更快、更稳的推进。

4. 以品格与科研伦理为底线

   我们要求学生诚实、可靠、守信、团结：尊重事实与数据，如实记录实验与分析过程，确保可追溯、可复现；尊重合作者与共同体，遵守署名与贡献原则；在资源使用、实验安全与对待他人方面保持克制与责任感。真正的学术产出应当经得起复核，也经得起品格的检验。

适用范围

• 适用对象： 本实验室全体研究生及参与研究生培养的博士后、高年级研究生、科研助理等

• 研究方向： 植物基因组学、遗传学及相关交叉领域

• 实施原则： 标准化、分层培养、项目驱动、能力导向、持续反馈、逐步授权

怎样使用

全组遵守共同规则，按当前任务查阅相应章节。新成员先读第1至5章及第10至12章；项目启动和推进读第7至8章；汇报前读第6章和第9章；涉及湿实验读第13章；论文、毕业与交接读第14章。附录模板可直接复制使用。

目录与使用入口

阅读时先理解目的，再按操作顺序完成具体工作。若输入、输出或检查办法不清楚，应与PI确认。

研究记录保存分析细节，项目首页汇总当前判断与计划，讨论记录保存决定。三者相互链接；周报直接更新在项目首页，避免重复填报。

文末列有参考实验室指南与方法文献。执行频率、反馈时限和培养节点均根据本实验室条件拟定。

1 目标与共同原则

培养什么样的人

实验室以植物基因组与遗传调控为基础，围绕作物的变异、遗传与调控问题开展研究，也开展相关植物体系和方法研究。不同方向应共同服务于清楚的科学问题。

成员应逐步做到：理解课题的重要性，说明要解决的问题，根据数据和假设选择方法，区分观察结果、解释与推测，发现问题后提出可讨论的方案，并让他人能够理解和重建工作。不同阶段承担的任务范围有所不同。

如何开展研究

1．从科学问题开始。开展新分析前，说明它回答什么问题、可能得到什么结果，以及如何解释这些结果。探索性分析也应说明希望澄清的问题。

2．用证据讨论。意见不同可以提出反例、质量检查或补充分析。导师和资深成员的判断同样需要依据。

3．如实保留工作记录。阴性结果、失败尝试和方法限制都应如实报告；隐瞒异常或只选择有利结果会妨碍研究判断。

4．主动提出方案，解释理由，并承担约定的后续工作。初期可在导师示范下完成，熟练后逐步扩大自主决定的范围。

5．明确任务的完成标准。论文、学位和重要成果需要长期推进，日常任务应拆成可检查的小步骤。

6．尊重合作和个人边界。按约定提供帮助，承认贡献。

怎样逐步获得自主范围

先由导师示范，再由学生说明拟采用的方法。学生在小数据上完成分析并解释结果，经复核后承担更完整的任务。能够稳定处理数据输入、质量检查和结果解释的成员，可独立决定已确认范围内的技术细节。改变研究问题、重要样本范围或核心结论时，需要与PI讨论。

怎样判断培养是否进步

重点观察成员能否更清楚地说明问题、解释方法、排查异常和安排下一步。项目暂未获得预期结果时，个人能力仍可能提高；发表数量和程序运行次数不能单独代表科研能力。

参考思路：Humphries研究原则、Coaker双方培养责任、Poldrack分析与培养指南。

2 角色与责任

导师应提供的支持

PI与学生共同确定近期任务，说明关键判断和可接受的完成标准。默认每两周至少进行一次个人进度讨论；入组初期或遇到阻碍时增加短讨论。出差或集中事务影响反馈时，PI提前说明替代安排。

学生提交明确问题后，PI默认在3个工作日内确认反馈方式或讨论时间。较长的方案、代码或论文需约定反馈范围和日期；普通小材料以一周内反馈为起点，完整论文另行预约。等待关键决定期间，学生应记录依赖事项，并推进不受影响的任务。

学生应承担的责任

学生应参加约定讨论并提前准备，及时确认不清楚的任务，维护研究记录和材料位置，说明未按计划完成的原因，并与合作者确认输入、输出和时间。不得把尚未理解的教程或AI输出当作已经掌握的方法。

合作责任如何确认

项目启动时写明各自负责的部分、需要他人提供的材料，以及关键结果的复核人。学生可以提出技术意见和有依据的新想法；PI帮助判断可行性，并提供适当的小规模试验机会。新增任务、项目转交或重要分工变化应记录在项目首页。

尚无成熟方向负责人时，由PI承担科研指导。可设置轮值方法联系人，帮助解决已熟悉的具体问题。

参考思路：Coaker Mentoring Compact、SEM双方行动事项、Roberts项目负责人职责。

3 日常秩序与沟通

规律工作与共同协作时间

建议共同科研时段为工作日09:00至17:30，用于交流与共同工作，不等同于每天的总工作时长。课程、假期、差旅和已约定的远程工作按实际安排执行。

成员建立规律的学习科研节奏，遵守约定的讨论和交付时间。不以工作时长代替研究判断。

请假和临时事由

请假时提前告知PI时间、原因、可能受影响的任务及替代安排。临时情况先简短说明，后续补充；学校要求的请假手续另行办理。特殊个人情况可私下与PI讨论。

每日与每周要做什么

每天开始时确定一个主要任务，结束时更新研究记录。每周五17:00前更新周报，说明本周进展、当前阻碍、下周主要任务及需要的帮助或决定；遇到假期可调整。暂时没有新结果时，如实说明尝试、记录和待解决的问题。

怎样求助

先查阅实验室已有手册与日志，再结合文献和资料进行排查。投入数天仍无明显进展时应求助，初学者可更早提出。求助时说明目标、输入、错误信息、已做尝试和需要的帮助。样本信息、数据损坏、权限或共享平台等问题，发现后及时通知相关负责人。

沟通与分歧

即时消息用于提醒和简短沟通；任务决定和方法调整应写入项目记录。讨论与批评应针对具体证据和做法，尊重成员本人。

连续未按约定反馈时，PI先了解课程、技能、任务设计及个人困难，确认事实后制定两周改进安排。复核以约定行为和工作证据为依据；进一步处理按学校规定进行。

4 入组与初期训练

入组前与首日

PI提前确定一个规模可控的训练任务和资料入口。首日介绍共同规则、工作空间、联络方式、账号权限及必要的安全培训，确认课程和近期可投入时间。新生逐项确认上述事项；资源缺失时直接标明并询问联系人。

第一周先把工作环境用起来

1．建立个人和项目文件位置；验证计算账号、存储权限、文献获取与沟通入口。

2．完成一次小型数据读入、检查、绘图和保存；说明输入是什么、输出保存在哪里。

3．读一篇与研究方向相关的论文，写出问题、证据和一个不清楚之处。

4．在导师或联系人带领下提交一个小型计算任务，找到日志并确认资源使用方式。

5．与PI讨论训练任务的步骤、完成标准和第一次反馈时间。

第一个完整分析任务

默认以4至6周为一个可调整的训练周期。优先使用公开或已整理的小数据，完成数据说明、质量检查、分析、结果图、图注和方法记录。可选择小型Bulk RNA-seq任务或已确认的变异数据，各方向也可选择其他合适任务。

Linux、R、统计和版本记录的学习应结合实际任务开展。第一次结果讨论可以在任务尚未全部完成时进行，但学生必须能够说明已完成的步骤。

怎样确认学会了

复核时，检查学生能否说明数据与参数、指出一项质量问题、解释一张图，并在更换小数据或参数后判断结果。可选一个常见错误，要求学生说明排查思路。教程运行成功后，还需解释与验证；未掌握时缩小任务、重复关键练习，并约定新的复核日期。

首月讨论安排

入组最初两至三周，默认每周进行一次约20分钟的短反馈，之后转为每两周个人讨论。共性技术问题集中示范；训练任务完成后，进入真实课题的一个小模块。

参考思路：DIB完整入门项目、Roberts分阶段入组、Lowe-Power初期指导。

5 阶段培养与能力评价

入组初期前六个月的月度训练

下表为计划时间点。已有基础者可提前，课程密集或需要补基础时可顺延。每月聚焦一项重点能力，用实际材料复核，并记录下一步。

能力评价使用六个问题

从六个方面评价能力：说明科学问题、理解数据、解释方法、检查质量与排错、解释证据、安排与交付任务。每项记录为“需示范”“讨论后可完成”或“可独立完成已确认范围”，并附一个实际例子。

每月用约10至15分钟回顾当前材料，默认无需另做汇报PPT。对尚未掌握的能力，确定一个小练习和复核日期。培养记录供本人和导师查看。

六个月以后的共同路径

硕士阶段的完成目标

按通常3年培养周期规划：前6个月打基础；6至18个月完成稳定模块并形成自己的研究范围；18至30个月组织主要结果和写作；最后阶段完成学位工作、必要补充与交接。具体开题、中期和答辩时间按学校安排。

硕士阶段的基本完成目标是：在导师帮助下完成范围明确的研究，说明背景与问题，理解所用方法，完成质量可靠的分析，解释结果与限制，并整理学位论文和可交接材料。

博士阶段增加的要求

博士应逐步具备独立推进研究的能力：提出有价值的问题，设计能够区分不同解释的研究，理解方法的适用条件，处理关键不确定性，并形成可说明的原创贡献。在已掌握的范围内帮助他人，同时保证本人研究的推进。

硕士若达到表中要求，通常已表现出较好的科研独立性，能够围绕明确问题完成较完整的研究。博士应将独立设计、推进和调整科研项目作为主要训练目标。

博士后期进一步培养主导项目、指导他人和独立思考的能力。学生应能规划并推进完整项目，识别瓶颈并调整策略；在适当范围指导低年级成员，将方法和经验整理为SOP和实验室知识库；逐步形成自己的研究兴趣，提出新问题并设计后续研究。导师重点参与关键科学问题讨论、重要节点检查和重大瓶颈解决，支持学生未来独立开展科研。

每半年讨论一次个人发展

每半年讨论研究兴趣、已掌握能力、指导方式、学位进度与职业准备，修订下一阶段目标。转方向、项目长期无进展或资源条件明显变化时，提前回顾。讨论以实际研究材料和任务为依据。

课题状态与个人能力分别记录。可靠的阴性结果可以体现方法和判断能力的进步；结果较多但缺少解释时，仍需加强训练。

6 文献学习与科学汇报

文献怎么读

每周通读3至8篇领域相关文献，其中至少精读1篇与课题直接相关的论文。方法基础文献和近期研究都要阅读。先识别问题与结论，再检查关键图和方法条件，最后说明与自己课题的关系。精读记录使用附录A3。

1．说明研究背景、意义和作者要解决的问题，理解已有工作的不足。

2．找出支撑主要结论的证据，理解样本、对照和分析逻辑。

3．检查方法是否适合数据，有哪些假设、替代解释和局限。

4．确定可以借鉴的内容，以及迁移到自己研究时需要满足的前提。

5．阅读前写一个问题，读完后说明是否得到回答。

周报与组内正式汇报

周报帮助导师了解每个人的进展和阻碍；组内正式汇报围绕一个研究问题，帮助全组检查方法、讨论证据并确定下一步。两者共用研究记录和结果图，按各自目的组织内容。周报模板见附录A4，正式汇报及反馈记录模板见附录A5。

用途与内容的区别

提交与反馈安排

周报默认每周五17:00前更新。导师在下一个工作日浏览状态，对需要决定的问题在3个工作日内回复或约定讨论时间。可能影响数据可靠性或关键任务的阻碍应及时提出。上述时限可在试行后调整。

正式汇报提前24小时共享材料，默认报告20至25分钟、讨论20至25分钟。会后1个工作日内记录决定、负责人、日期和完成标准；下次讨论先检查这些事项。首次汇报适当增加背景，后续重点说明新证据和上次反馈的处理情况。

正式汇报的组织顺序

依次说明课题的重要性、本次要解决的问题、数据与方法、结果支持的判断、当前限制，以及下一步验证或推进安排。每组图表都应说明它回答什么问题。关键结果说明和会后反馈的填写方式见附录A5。

正式汇报可使用Word或其他图文材料。先说明当前问题，再依次展示结果图、图注、自己的解释、限制和下一步。复杂图表可使用PPT，每页围绕一个科学判断组织。已有图表与说明可继续用于论文材料。

每张图都应说明样本或分析单位、数据来源、方法及必要的统计信息，标题尽量表达该图支持的判断。未完成结果和失败尝试可以展示，同时说明当前能判断到什么程度。

7 课题设计与项目推进

启动时建立项目首页

每项课题有唯一编号、负责人、主要参与者和记录位置。项目启动时使用附录A1，说明科学问题、现有证据、数据来源、近期目标、依赖条件、主要风险和需要导师决定的事项。首页保持简短，分析细节链接到研究记录。

科学问题怎样确认

区分需要描述的现象、需要比较的关系和需要检验的机制。提出至少一个替代解释，并说明当前数据能够回答到什么程度。关联结果与机制结论所需证据不同；数据不足时，应调整问题范围。

任务怎样拆解

1．列出到近期目标所需的关键步骤，检查样本、参考文件和计算条件是否具备。

2．将步骤分成通常一至两周可检查的任务；长时间计算单独说明预计资源和监测办法。

3．每项任务写明负责人、依赖条件、约定日期和完成标准。完成标准应对应可检查的材料或判断。

4．先用小数据验证关键方法，再扩大规模。重要条件变化时记录原因和受影响结果。

5．每次讨论结束时确定必要的下一步，避免为同一成员同时安排多个主任务。

示例任务

含糊写法是“继续做群体分析”。可改为“完成样本信息核对与质控，列出保留和排除样本及依据，说明这些选择对后续比较的影响；提交图、检查表和生成脚本”。具体阈值由数据和设计决定。

课题中的决定由谁作出

成员可独立执行已确认的方法和参数范围，并提出新的技术选择。改变核心问题、关键样本、分析单位、重要数据使用范围或大规模计算计划前，应与PI讨论。保存方法选择和调整理由，便于后续解释。

暂停或停止一项工作

数据不足、方法假设不成立、资源无法获得或问题价值发生变化时，可缩小、暂停或停止工作。PI与负责人共同记录已知事实、停止原因、保留材料及可能的重启条件。未获得预期结果，不自动构成停止或追责的理由。

参考思路：Roberts Project Management、Humphries研究假设、Poldrack早期小规模分析。

8 项目状态与及时反馈

项目状态怎样标记

项目状态说明课题需要的支持，不用于学生排名。缺少可核验记录时先了解原因；阴性结果、排错和文献学习记录都可以构成工作证据。

每周更新四项内容

每周更新四项内容：本周证据及材料位置、当前阻碍与已做尝试、下周优先任务和完成标准、需要的帮助或决定。直接写在项目首页，正文约200至300字，复杂材料用链接补充。模板见附录A4。

导师怎样掌握全组状态

PI每周查看项目概览，优先处理“需要支持”和“需要及时处理”的课题，并确认待决定事项是否已回复。每月结合现有讨论，回顾项目范围、关键证据和后续风险。需要训练的个人能力另记在培养记录中。

项目概览可使用共享文档，每项项目占一行，记录问题简称、负责人、状态、最新证据、下一步、需要PI决定的事项和复核日期。初期沿用已有工具，迁移软件时不新增重复填报。

延期怎样处理

预计延期时，负责人说明原因、影响和新的安排建议。等待数据或导师决定时明确依赖事项。连续两次未完成约定任务时，PI复核任务大小、技能和时间投入，确定更小的下一步。

调整后怎样确认有效

下次讨论检查上一轮决定和行动事项是否完成，以及阻碍是否解除。新增支持措施应有复核日期；无效时调整任务设计或指导方式。

9 讨论与导师反馈

一次组会怎样进行

组会默认安排为：事务提醒5分钟；主要研究报告25分钟、讨论25分钟；文献或方法讨论25分钟；反馈与行动确认10分钟。可根据需要调整内容，不要求每周同时开展所有类型的讨论。

每名成员按排程定期深度汇报，轮换间隔根据成员人数确定。急需决定的项目提前安排讨论。尚未形成研究结果的新生，可汇报完整训练任务、复现差异或具体方法问题。

个别讨论的准备和会后工作

学生提前一天共享近期证据、上次行动完成情况和本次最需要决定的一至两个问题。PI优先处理关键选择和结果解释。会后由学生更新记录，导师确认双方的行动事项、日期和完成标准。

怎样使用导师时间

共性技术问题集中解决，个人研究范围和关键结论通过个别讨论确认。以15人每两周各讨论30分钟计算，个人讨论平均每周占用3.75小时；新生短反馈和材料阅读另计。PI应固定讨论时段，明确可提供即时反馈的安排。

PI暂时不能参加时，确定改期或替代讨论方式。学生记录阻碍，并推进可独立进行的任务；等待讨论期间沿用已有材料。

参考思路：Jo与Shen区分会议用途、SEM双方行动事项、Roberts提前准备议题。

10 研究记录与计算平台

一项研究至少保留什么

研究材料须保留输入、版本、参数、日志与输出的对应关系。记录可用Markdown、文档或笔记系统，平台形式不作为能力评价依据。目录示例如下。

根目录使用项目编号或Project命名，README.md说明文件位置；具体子目录按研究需要设置。

原始数据不得覆盖；正式分析代码必须保存；重要结果必须能够重新生成。

日常记录与文件命名

每天记录目的、步骤、结果位置、问题和下一步，保留成功命令、关键参数与重要失败。文件名建议包含项目、日期和内容，如P2026_001_20261011_sampleQC.tsv；用版本管理区分修改。

服务器和计算资源

遵守平台说明，通过作业调度提交资源需求较大的计算，不在共享登录节点运行重任务。提交前估计CPU、内存、时间、存储和GPU需求，用小数据试运行，并保存作业号与日志。按本平台实际调度方式维护操作说明，例如PBS；命令由联系人验证。

大任务明显超出已分配资源时，先与PI或平台联系人确认。异常作业应先检查日志和资源使用，避免反复提交相同失败任务。不得删除或覆盖他人文件。

备份与权限

项目启动时确认独立备份位置和负责人。关键材料形成或变更后及时备份；工作文件默认每周同步，原始大数据按平台策略处理。默认每季度抽查一次恢复。共享同一存储上的复制不等同于独立备份；受协议限制的数据按授权设置权限。

参考思路：Roberts研究记录、Rasi项目组织、Noble与Sandve计算研究记录。

11 分析质量与方法保障

分析完成后必须检查

1．核对输入、样本身份、参考版本和分析单位，确认没有混用或漏项。

2．查看质量图、异常样本和日志；质量问题尚未解释时，不继续据此形成或扩展主要结论。

3．说明模型和统计假设，包括重复、对照、混杂、多重比较等与当前问题相关的条件。

4．核对图与底层数据、代码和参数；重要结论检查合理的替代设置或解释。

5．将关键结果、限制和需要复核的事项写入记录，再判断是否完成任务。

方法SOP怎样建立

SOP是可供执行和检查的标准操作说明。优先为重复使用、容易出错或多人共用的方法建立SOP，包含适用范围、输入、前提、步骤、质量检查、失败条件、排错、输出、命名、负责人和审核人。模板入口见附录A7。

SOP必须写明哪些设置依赖具体数据。任务负责人提出阈值及依据，由PI或合适的检查者确认。只有命令清单，缺少适用条件和检查办法的材料，不能视为已验证方法。

怎样发布与修改

方法作者先用小数据验证，保存测试数据或获取方式；另一成员按说明执行，记录不清楚或不一致之处。PI或指定检查者确认适用范围后，标为可用。软件或关键步骤改变时，更新版本和变更说明，并保留原有分析使用的版本。

怎样复核重要结果

成员先自查，再对支撑主要结论的图表或关键步骤进行独立检查。小规模计算可以重跑；昂贵计算先核对输入、参数、日志和中间结果，再安排必要的重建。复核记录写明检查范围、发现的差异和处理情况。

错误发现后怎样做

发现错误后保留原材料，标记受影响结果，评估对结论和后续工作的影响，并与PI讨论修正办法、记录处理过程。已共享或进入投稿材料的错误应及时通知相关作者，必要时按期刊或学校要求处理。主动报告错误是研究责任的一部分。

参考思路：Poldrack分析程序、SEM代码与图检查、Sandve可重建结果。

12 研究诚信 合作与AI辅助

研究记录和结论

不得编造数据、伪造记录、隐瞒影响结论的质量问题，或篡改图中的科学信息。保留排除样本、选择参数和调整分析的理由。探索中形成的想法，应在后续验证中说明来源，不把事后选择写成预先确定的设计。

合作与贡献

项目开始时讨论预期分工、数据使用和贡献记录，作者资格及次序根据实际贡献确认。定期更新贡献记录，在重要分工变化、写作前和投稿前讨论作者资格与排序。所有作者都有机会检查与自己相关的材料及最终稿。

使用合作方未公开数据、代码或成果时先确认授权范围。共享、投稿和公开数据需遵守约定；不得自行扩大使用或公开。合理分歧先基于贡献与记录讨论，需要时请合适第三方或学校渠道协助。

AI可以怎样帮助科研

AI可用于理解概念、草拟代码、排错、整理资料和修改表达。使用者仍须理解、核对并承担责任，核实引用、方法和结果。AI生成内容不能替代本人对研究的理解。

1．核实引用和关键事实；确认函数、参数、依赖与数据假设实际存在。

2．生成代码先在小数据上验证，检查边界情况和关键输出，保留本人修订。

3．影响关键分析或判断的AI协助，应记录工具、时间、任务、必要提示词和检查证据。

4．未获允许，不向外部工具上传未公开数据、合作资料、个人敏感信息或账号凭据。

5．论文、申请书和正式评审材料的使用与披露要求，按相关机构、期刊及合作约定确认。

交付前必须能解释

交付前，学生应能说明结果如何产生、为什么采用该方法，以及做过哪些检查。无法解释关键代码或结论时，先继续理解与核验。使用AI辅助工具与开展AI模型研究是不同任务，不能以工具使用替代模型研究所需的方法理解与验证。

参考思路：Shen与Poldrack AI政策、Coaker与Jo贡献讨论。

13 湿实验与计算分析衔接

先确认实验服务于哪个判断

湿实验开展较少，也应在开始前明确要检验的问题、现有计算证据的限制，以及什么结果能够支持或削弱当前解释。先与平台或合作者确认技术、样本和资源，再决定规模；新技术优先开展小规模试验。

实验开始前的准备

1．列出实验问题、样本、对照、独立重复、主要观察和判定办法，与PI共同确认。

2．按学校和平台要求完成培训与权限确认，在已经获准的范围操作；没有掌握的方法先由合适人员示范。

3．确认样本编号、取样与处理记录、保存方式、质量要求和后续数据输出。

4．与合作者明确各自负责的步骤、交付内容、失败处理和贡献记录。

样本信息怎样进入计算分析

同一编号应贯穿材料、实验、测序或检测、原始文件和分析结果。至少记录物种与材料身份、组织、时期、处理、重复、实验或检测批次、所用方法版本和必要质量信息。倍性等与分析有关的信息一并确认。

接收数据时核对样本表、文件对应关系、完整性和质量记录。需要平台补充的信息应明确列出，不猜测或补造。样本标签存在冲突时，先暂停受影响分析，联系提供者核对。

怎样保存实验过程

记录日期、操作者、真实操作、关键变化、原始检测或观察结果和异常。计算解释所用的实验记录应能定位。图片调整应保留原始材料，并遵守相应研究与发表要求。

进入下一步前的检查

先判断实验是否达到约定质量，再解释生物学结果。失败时区分方法、样本、记录与假设问题，讨论是否重做、改变设计或停止。验证计算结论时，应明确实验支持的结论范围。

本章规定设计、记录与衔接责任。具体实验按已经验证的SOP和平台要求执行，不能直接使用未经核对的网络或AI操作建议。

14 论文成果与毕业

研究过程中同步整理成果

每形成一项重要结果，及时保存图、图注、底层数据、生成脚本和对应方法说明。定期检查研究问题与现有证据的关系，先明确主要结论和限制，再组织稿件。图序和段落应说明证据如何回答问题。

进入写作和投稿

1．负责人提出核心问题、主要结论、证据顺序与仍缺的关键分析，PI共同确认范围。

2．逐图核对样本、分析单位、统计、数据和脚本；重点结果安排适当的独立检查。

3．整合方法、材料、版本、数据和代码获取说明，核对引用与结论范围。

4．讨论实际贡献、作者资格和排序，合作者检查相关材料，全体作者确认最终稿。

5．核对目标期刊当时的数据、代码、AI披露与其他要求；完成需要的授权和公开准备。

软件 数据与方法成果

可以形成可用的脚本、流程、数据资源或方法手册。交付应包括用途、适用范围、输入输出、安装或环境、示例、质量检查、已知限制和维护人。成果形式由研究内容决定，不要求所有成员都建立大型软件项目。

毕业或离组交接

默认在拟离组前至少4周开始准备，学位节点按学校安排落实。使用附录A8列出项目状态、结果与数据位置、代码环境、方法、未完成任务、合作与贡献、权限及后续联系人。大型项目提前安排。

接收者应实际定位文件，并重建一个关键小结果，记录失败及处理。原始数据和关键记录不能仅保存在个人电脑、私人云盘或即将失效的账号中。访问权限调整由PI与相关管理者确认，并保留合法授权范围。

离组后的工作

离组时书面确认未完成论文、数据请求、后续贡献和联系安排。新增任务与合作另行商定，交接不默认产生无限期免费工作的义务。

参考思路：Coaker投稿材料、SEM结果检查、Roberts与Rasi可接续研究记录。

15 实施与持续修订

先建立清楚的入口

初期建立一个指南入口、一份人员培养记录、一份项目概览及各项目的研究文件位置。可使用已有共享文档、内部存储和代码管理工具；迁移时保留编号与链接。联系人和资源列表由PI确认。

把教育支持和责任处理分开

初次未达到要求时，先了解原因，提供示范或缩小任务。连续未按约定执行时，明确事实、责任和两周改进计划；仍无改善时按学校规定处理。发现数据诚信或公共资源问题，应及时控制受影响工作并保存事实。

哪些现象值得观察

观察学生是否更能解释问题与方法，是否更早提出困难，下一步和导师决定是否可查，重要结果是否可重建，以及材料准备是否重复。这些信息用于改进安排，不合成为个人排名分数。

怎样修改指南

每次修改记录章节、原因、影响和生效时间，由PI确认并向成员说明。调整培养安排和共同科研时段前听取成员意见；因平台规定或项目协议变化而调整时，说明依据。默认每季度小修、每学年系统回顾。

不能帮助理解研究或作出决定的记录要求，应删减或合并。共同规则保留在指南中，技术细节纳入可持续更新的SOP。

附录 A1 项目首页与任务示例

用途：项目启动时建立一份首页并持续更新。首页记录当前问题、计划和待决定事项，分析细节使用链接。

项目编号与名称：______________________________________

负责人与参与者：______________________________________

主方向与协作方向：____________________________________

问题与价值：__________________________________________

现有证据及替代解释：__________________________________

数据来源 权限 样本与参考版本：________________________

近期目标及完成标准：__________________________________

主要风险和依赖条件：__________________________________

当前状态与判断依据：__________________________________

需导师决定的事项与希望回复日期：______________________

研究记录 结果与代码位置：______________________________

项目示例

项目示例1 飞书文档
项目示例2 飞书文档

附录 A2 研究记录与结果图说明

用途：每日工作结束时简短更新；重要方法选择或错误应详细记录。保存实际分析过程，无需每天向PI发送。

一条研究记录

日期与项目：__________________________________________

本次目的或问题：______________________________________

输入与版本：__________________________________________

实际步骤 脚本 参数 环境与日志：________________________

结果位置及目前判断：__________________________________

质量问题或失败及已做排查：____________________________

下一步与需要的帮助：__________________________________

一张重要图的说明

图编号与要回答的问题：________________________________

样本与分析单位：______________________________________

底层数据和生成脚本：__________________________________

方法及必要统计说明：__________________________________

该图支持的判断：______________________________________

限制 替代解释与待检查问题：____________________________

简短填写示例

目的：确认一次异常聚类是否来自样本编号。步骤：核对输入表与结果标签，发现两行顺序不一致，修正映射并重画；脚本和日志链接到本次目录。

判断：原图不能用于后续解释。修正后需复核样本与批次；请检查者抽查编号映射，再决定是否继续生物学比较。

怎样避免记录失效

关键结果须提供真实路径或链接。重要错误保留受影响版本及修正说明；更换参考或参数时，写明需要更新的结果。

附录 A3 文献精读记录

论文标题 年份 DOI或链接：______________________________

作者要解决的问题：____________________________________

核心结论及对应图：____________________________________

数据 对照 分析单位与关键方法：________________________

最重要的限制或替代解释：______________________________

与我的课题相关的内容及迁移前提：______________________

准备讨论的问题：______________________________________

附录 A4 周报模板

用途：每周更新项目记录中的四项核心内容，正文约200至300字，复杂材料用链接补充。项目基本信息沿用首页。

姓名及周报日期：____________________________

项目编号与名称：____________________________

当前核心问题：[沿用项目首页的一句话说明]

项目状态：[推进正常／需要支持／需要及时处理／暂停或结束]

1 本周证据与任务落实

上周约定任务的完成情况：[完成了什么；未完成部分及原因]

结果及记录位置：[图、表、脚本或研究记录的路径或链接]

本周最重要的判断：[目前可以说明什么，还有什么限制]

2 当前阻碍与已做尝试

具体阻碍：[数据、方法、资源或待确认事项]

已尝试的办法及结果：____________________________

3 下周主要任务

最重要的一至两项任务：____________________________

完成标准与预计日期：[写明可检查的材料或判断及日期]

4 需要的帮助或决定

需要谁在何时处理什么：____________________________

自己的建议或可选方案：[尚不清楚时，说明需要什么示范或指导]

导师简短反馈

决定或支持安排：____________________________

负责人及处理日期：____________________________

新生可填写训练任务的证据，如小数据分析、论文图复现、排错记录或方法理解。参与多个项目时，按项目编号分别列出进展；与科研无关的个人事项单独沟通。

怎样把活动写成可判断的进展

附录 A5 组内正式汇报与反馈记录

用途：按以下顺序准备PPT或图文报告。围绕一个核心问题选择关键结果，首次汇报适当增加背景，后续复用已说明的内容。

姓名 项目编号 汇报日期：______________________________

汇报题目：[写出本次重点讨论的问题]

1 研究背景与核心问题

研究为什么值得做，已有工作解决到哪里：____________________________

本课题的问题或假设，与已有工作的关系：____________________________

2 研究框架与本次目标

主要模块如何共同回答问题：[可用简图表示]

本次汇报希望判断什么：____________________________

3 上次反馈的处理

采纳了什么，新增了什么证据，哪些意见尚待讨论：____________________________

4 数据 方法与质量

样本与分析单位，数据和参考版本：____________________________

方法选择，关键假设，对照及质量检查：____________________________

5 关键结果与证据

按子问题组织主要图表：[每个结果使用本附录的单项结果模板]

结果是否经过必要的复核：____________________________

6 综合判断与限制

现有证据支持什么，尚不能判断什么：____________________________

替代解释与需要进一步验证的部分：____________________________

7 下一步与需要讨论的决定

下一步做什么，为什么这样安排，怎样判断完成：____________________________

请全组重点讨论的一至两个问题：[附自己的建议或可选方案]

8 材料位置

报告 图表 数据 脚本与研究记录入口：____________________

训练或复现阶段，可说明方法适用条件、复现差异和排查依据；课题设计阶段，重点说明研究问题、设计与试验条件。按当前阶段选择实际材料。

关键结果的说明

单项结果模板

要回答的子问题：____________________________

结果标题：[表达图所支持的判断；尚不确定时写明条件]

插入结果图或表，并附清楚的图注。图注说明样本、分析单位、分组、方法及必要的统计信息；引用文献图时标注来源。

主要观察：[数据直接显示了什么]

我的解释及依据：____________________________

质量检查与替代解释：____________________________

当前限制与进一步验证：____________________________

数据及生成脚本位置：____________________________

样本质控的汇报示例

以样本质量检查为例：先说明是否能够将群体差异解释为生物学差异；再展示样本与批次的对应关系、测序深度、缺失率及不同筛选方案的比较；解释哪些差异稳定、哪些可能受技术条件影响；最后讨论可用样本范围与补充验证。具体统计设计根据实际数据确定。

会后反馈与行动记录

本次讨论确认的科学判断：____________________________

尚未解决的问题及再次讨论的条件：____________________

修订后材料位置及下次复核日期：____________________________

组内反馈要点

两名轮值成员分别关注科学问题和证据说明，各提出一项具体优点、一项最需要改进之处和一条可执行建议。导师重点检查研究逻辑、方法适用性和结论范围。汇报者说明采纳的意见、尚需讨论的意见及理由。

附录 A6 月度能力与培养回顾

用途：每月结合现有研究材料简短回顾，每半年增加个人发展讨论。供本人、PI及必要的共同指导者查看。

成员 月份 主方向：____________________________________

本月主要任务与证据位置：______________________________

下月最需要训练的一项能力：____________________________

对应练习和完成标准：__________________________________

导师提供的帮助：______________________________________

允许独立决定的范围：__________________________________

复核日期：________ 学生意见：________________________

半年回顾增加的内容

研究兴趣和方向是否合适：______________________________

学位进度及关键缺口：__________________________________

指导频率和反馈方式需怎样调整：________________________

职业准备与希望获得的支持：____________________________

评价以具体材料为依据，不相加形成排名。项目结果与个人能力分别说明；发现能力不足时安排对应训练。

附录 A7 方法SOP模板入口

方法SOP模板 Notion文档

附录 A8 论文与离组交接检查

论文准备检查

1．核心问题、主要结论和证据顺序清楚，限制与推测有明确表达。

2．样本、分析单位、方法、统计与图注可核对，重要图有底层数据和脚本。

3．关键结果完成约定的独立检查，差异与处理保留记录。

4．数据与代码的获取方式、授权、作者贡献和最终稿确认完成。

5．目标期刊当时的格式、数据、代码与AI等要求已经核对。

交接记录

成员 计划离组日期 接收者：____________________________

项目及当前状态：______________________________________

原始与处理数据位置 权限与备份：______________________

代码 环境 参数和流程入口：__________________________

图 文稿 方法SOP与关键说明：__________________________

未完成任务 已知问题 合作与贡献记录：__________________

后续联系人及约定事项：________________________________

实际接收检查

已定位关键文件：________ 检查日期：________

重建的小结果及记录：__________________________________

尚未解决的问题与负责人：______________________________

账号和访问权调整计划：________________________________

学生 接收者 PI确认：__________________________________

交接完成以接收者能够使用材料为依据。未完成的论文或合作工作，应写明双方的后续安排和贡献。

参考实验室指南与借鉴内容

本指南借鉴公开实验室手册的培养与工作思路，执行频率、反馈时限和训练节点根据本实验室条件拟定。公开手册不构成管理效果的证据；参考链接供核对和后续阅读。

R1 Lowe-Power Lab Handbook

借鉴图文研究讨论、初期指导和成员责任。公开要求包含图、图注、表格与必要文字，围绕研究假设和结果解释接收书面反馈；具体示例位于内部共享目录。

R2 Coaker Lab Mentoring Compact

借鉴导师学生双方责任、发展回顾与成果材料核对。

R3 The Jo Lab Handbook

借鉴不同讨论目的和培养反馈。

R4 Roberts Lab Handbook

参考项目管理、入组、研究记录和共同要求。借鉴可复制的会议议程、任务跟踪字段，以及进展、阻碍、待决定事项、下一步、责任人和完成标准的记录。

R5 SEM Lab and Frankell Lab How We Work

借鉴双方行动事项、代码与重要结果检查；依据为公开摘要。

R6 Shen Lab Handbook

重点参考入组、会议和AI使用章节的操作写法。

R7 Fraser Lab Compact Philosophy and Resources

借鉴汇报训练、具体反馈与实验室意见收集。

R8 The Poldrack Lab Guide

借鉴分析记录、研究核验和AI责任；自主性要求需考虑学生基础。

R9 Humphries Lab Manual

借鉴研究假设、角色与直接的行动说明。

R10 Cobey Lab Handbook

每周更新项目目标、进展、下周重点和阻碍，约需5至10分钟准备，由导师评论。公开页面提供字段要求，无独立空白文件。借鉴简短书面更新与后续讨论的分工。

R11 Rashid Lab Handbook

公开提供会议议程、会后记录和行动事项模板。借鉴研究更新的组织顺序，以及会前提问、会后记录决定、下次检查未完成任务。

首次课题汇报Quarto模板

面向新成员首次课题汇报，按NIH F31结构组织。参考问题、研究空白与方案逻辑；日常进展使用附录A5。

专项资料与方法学习参考

R12 DIB Lab First Project

用于理解完整入门项目的训练顺序。平台和命令需再次核对。

R13 Rasi Lab Project Template

用于项目记录、代码与讨论的组织方式。

R14 Cillo Dry Lab Manual

参考技术手册的写法；人类数据的示例和参数不能直接用于植物研究。

R15 Noble 2009 A Quick Guide to Organizing Computational Biology Projects

R16 Sandve et al 2013 Ten Simple Rules for Reproducible Computational Research

R17 Walsh et al 2021 DOME Recommendations for Supervised Machine Learning Validation in Biology

R18 Luecken and Theis 2019 Current Best Practices in Single Cell RNA Seq Analysis

R19 Squair et al 2021 Confronting False Discoveries in Single Cell Differential Expression

技术手册的维护

技术手册说明具体方法的操作与检查要求。作者应依据原始文献和官方文档验证命令与参数，记录所用版本、适用数据和测试情况，再发布给成员使用。参考文献的年份不代表该方法是当前唯一或最优选择。

指南版本记录

v1.0 2026年10月11日：形成实验室指南试行稿。

v1.1 2026年10月11日：在删减稿基础上整理章节与附录，统一编号、引用和术语，润色表述并调整排版。实际生效安排由PI确认。

后续记录格式：版本 日期 修改章节 原因 影响 确认人 生效时间。